2024年度个人所得税扣缴手续费退付申请截止日期为2025年3月31日。扣缴单位财务人员可通过自然人电子税务局（扣缴端）办理退付。根据规定，代扣、代收扣缴义务人和代征人需在每年3月31日前提交上一年度「三代」税款手续费申请资料，逾期未提交视为放弃。个人所得税法规定，扣缴义务人可获所扣缴税款2%的手续费。